Органите на управление на Национална компания "Железопътна инфраструктура", съгласно Закона за железопътния транспорт са Министърът на транспорта и съобщенията, Управителен съвет и Генерален директор. 

НКЖИ се управлява от управителен съвет и се ръководи и представлява от генерален директор. 

Управителен съвет: 

инж. Мария Генова - Председател

проф. д-р инж. Стойо Тодоров - Член на УС

инж. Йордан Върбанов - Генерален директор